អាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារបានបង្កើតឡើងដោយព្រះរាជក្រឹត្យលេខនស/រកត/០៦០៦/២៤៨ ចុះថ្ងៃទី១ ខែមិថុនា ឆ្នាំ២០០៦ ស្តីពីការបង្កើតអាជ្ញាធរជាតិ ដើម្បីការពារ និងអភិវឌ្ឍរមណីយដ្ឋានវប្បធម៌ធម្មជាតិ នៃប្រាសាទព្រះវិហារ ហៅកាត់ “អ.ជ.ព.វ” ដែលជាគ្រឹះស្ថានសាធារណៈមួយប្រកបដោយបុគ្គលភាព គតិយុត្តិ មានស្វ័យភាព រដ្ឋបាលនិងហិរញ្ញវត្ថុ ស្ថិតនៅ​ក្រោមអាណាព្យាបាលនៃទីស្ដីការគណៈរដ្ឋមន្ត្រី។

តាមរយៈព្រះរាជក្រឹត្យលេខនស/រកត/០៤១៦ ចុះថ្ងៃទី២២ ខែមេសា ឆ្នាំ២០១៦ បានផ្ទេររមណីយដ្ឋានប្រាសាទកោះកេរ ឱ្យមកស្ថិតនៅក្រោមការគ្រប់គ្រងរបស់អាជ្ញាធរ​ជាតិព្រះវិហារ។ ក្នុងអំឡុងឆ្នាំ២០១៧ អាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារ ត្រូវបានផ្ទេរឱ្យស្ថិត​ក្រោមការគ្រប់គ្រងរបស់ក្រសួងវប្បធម៌និងវិចិត្រសិល្បៈ តាមព្រះរាជក្រឹត្យលេខ នស/រកត/០៣១៧/៣១៣ ចុះថ្ងៃទី៣០ ខែមីនា ឆ្នាំ២០១៧។

តាមរយៈព្រះរាជក្រឹត្យលេខ នស/រកត/០២២០/២០៤ ចុះថ្ងៃទី២០ ខែកុម្ភៈ ឆ្នាំ២០២០ អាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារជាគ្រឹះ​ស្ថាន​សាធារណៈរដ្ឋបាលដែលមានឈ្មោះថា អាជ្ញាធរជាតិដើម្បីការពារ និងអភិវឌ្ឍ រមណីយដ្ឋានវប្បធម៌ធម្មជាតិតំបន់ព្រះវិហារ សរសេរកាត់ជាភាសាខ្មែរ “អ.ជ.ព.វ.” ហៅកាត់ថា “អាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារ” និងជាភាសាអង់គ្លេស “National Authority for Preah Vihear”​ ហៅកាត់ថា “NAPV” ស្ថិតក្រោមអាណាព្យាបាលបច្ចេកទេសក្រសួងវប្បធម៌និងវិចិត្រសិល្បៈ និងស្ថិតក្រោម​អាណាព្យាបាលហិរញ្ញវត្ថុ គឺក្រសួងសេដ្ឋកិច្ច និងហិរញ្ញវត្ថុ។

• ឆ្នាំ២០០៦-២០០៩៖ បានដឹកនាំដោយ ឯកឧត្តម ទី យ៉ាវ ជាប្រធានអាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារ និងជា ប្រធានក្រុមប្រឹក្សា​ភិបាល និងឯកឧត្តម ហង្ស សុត ជាអគ្គនាយក។
• ឆ្នាំ២០០៩-២០១៥៖ បានដឹកនាំដោយ ឯកឧត្តម ជុច ភឿន ជាប្រធានអាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារ និងជាប្រធានក្រុមប្រឹក្សា​ភិបាល និងឯកឧត្តម អ៊ុក តុបបុត្រា ជាអគ្គនាយក។
• ឆ្នាំ២០១៥-២០២០៖ បានដឹកនាំដោយ ឯកឧត្តម គឹម សេតារា ជាប្រធានអាជ្ញាធរជាតិព្រះវិហារ និងជាប្រធានក្រុមប្រឹក្សា​ភិបាល​ និងឯកឧត្តម គង់ ពុទ្ធិការ ជាអគ្គនាយក។
• ឆ្នាំ២០២០-បច្ចុប្បន្ន៖ ដឹកនាំដោយ ឯកឧត្តម គង់ ពុទ្ធិការ ជាអគ្គនាយក និងលោកជំទាវបណ្ឌិតសភាចារ្យ ភឿង សកុណា រដ្ឋមន្ត្រីនៃក្រសួងវប្បធម៌និងវិចិត្រសិល្បៈ ជាប្រធានក្រុមប្រឹក្សាភិបាល។