ក្រៅពីកិច្ចការអភិរក្សនិងជួសជុលប្រាសាទនានាក្នុងរមណីយដ្ឋានប្រាសាទកោះកេរ ការគ្រប់គ្រងដើមឈើមានហានិភ័យដល់ប្រាសាទ និងការលើកកម្ពស់ទេសភាពក្នុងរមណីយដ្ឋានជាពិសេសតាមដងផ្លូវទស្សនា និងទីតាំងប្រាសាទនានាក៏កំពុងត្រូវបានអនុវត្តជាប្រចាំផងដែរ ដើម្បីធានាថាប្រាសាទទាំងនេះមិនទទួលរងហានិភ័យដោយសារដើមឈើរលំ និងដើម្បីរមណីយដ្ឋានមានសោភណ្ឌភាពប្រកបដោយភាពទាក់ទាញសម្រាប់ភ្ញៀវទេសចរ។
សកម្មភាពសំខាន់ៗទាក់ទងនឹងការគ្រប់គ្រងហានិភ័យដើមមាន ការសិក្សាវាយតម្លៃអំពីកម្រិតហានិភ័យដើមឈើ និងកំណត់អាទិភាពដកហូតនិងព្យាបាលដើមឈើទាំងនេះ។ រហូតមកដល់បច្ចុប្បន្ននេះ ដើមឈើដែលមានហានិភ័យខ្ពស់ចំនួន២២៨ដើម ត្រូវបានដកហូត ក្នុងនោះមាន១០៣ដើម នៅតាមប្រាសាទនានាចំនួន១១ទីតាំង និង ១២៥ដើមទៀតដែលដុះនៅក្បែប្រាសាទ និងទីតាំងសំខាន់ៗ។ ដើមឈើដែលមានហានិភ័យខ្ពស់ចំនួន៣៩ដើមទៀតនឹងត្រូវដកហូតជាបន្តបន្ទាប់ ដោយឡែកដើមឈើដែលមានហានិភ័យមធ្យមចំនួន១០៩ដើមទៀត ស្ថិតក្រោមការឃ្លាំមើលពីបម្រែបម្រួលជាប្រចាំ។
សកម្មភាពលើកកម្ពស់ទេសភាពធម្មជាតិ និងវប្បធម៌ក្នុងរមណីយដ្ឋានប្រាសាទកោះកេររួមមាន កាត់សម្អាតស្មៅនៅតាមដងផ្លូវទស្សនាលើផ្ទៃដីជាង០៦ហិកតា និងកាត់ក្រីមែកឈើនិងវល្លិ៍តាមដងផ្លូវប្រវែងជាង១២គម និងនៅតាមប្រាសាទនានាចំនួន២១កន្លែង ត្រូវបានអនុវត្តជាប្រចាំ។ របងឫស្សីនៅតាមប្រាសាទនានាចំនួន២០កន្លែង ប្រវែងសរុប១៩៦០ម៉ែត្រ ដែលសង់ឡើងដើម្បីការពារយានយន្ត និងសត្វពាហនៈចូលក្នុងប្រាសាទ ត្រូវបានទទួលការថែទាំជាប្រចាំដូចជាការផ្លាស់ប្តូររបាឫស្សី និងដូរបង្គោលពុកៗ។ ពើកដែលជាប្រភេទស្មៅដុះក្នុងទឹកនៅកសិន្ទុប្រាសាទរួមទំហំសរុប៤២៥២ម២ ត្រូវបានស្តារឡើងវិញជាប្រចាំដើម្បីរក្សាសោភណ្ឌភាពកសិន្ទុផង និងដើម្បីរក្សាគុណភាពទឹកសម្រាប់អ្នកភូមិកោះកេរប្រើប្រាស់ផង។